APIها هسته بسیاری از سرویس‌های امروزی هستند و به همین دلیل باید جداگانه از رابط کاربری ارزیابی شوند. اولین موضوع، احراز هویت است: توکن‌ها باید عمر مناسب، دامنه دسترسی مشخص و سازوکار ابطال داشته باشند.
کنترل دسترسی در سطح شیء اهمیت ویژه‌ای دارد. برنامه نباید صرفاً بررسی کند کاربر وارد شده است؛ باید مشخص کند آیا همان کاربر مجاز به مشاهده یا تغییر همان رکورد است یا خیر. همچنین ورودی‌های API باید اعتبارسنجی شوند و نوع، طول و محدوده داده‌ها کنترل شود.
محدودسازی نرخ درخواست، ثبت رخدادهای امنیتی، مدیریت خطا و جلوگیری از افشای اطلاعات داخلی نیز ضروری است. پیام خطا نباید مسیر فایل، Stack Trace، کوئری یا اطلاعات حساس را نمایش دهد.
برای کاهش ریسک، مستندات API باید با پیاده‌سازی واقعی تطبیق داده شود، تست‌های امنیتی در CI/CD قرار گیرند و دسترسی سرویس‌ها بر اساس اصل حداقل دسترسی طراحی شود.